1 ноября 1913 года состоялось торжественное открытие Тюмень-Омской железной дороги и ее узловой станции Ишим. Торжества совпали с празднованием 300-летия Императорского Дома Романовых.

В честь этого события поселок к северу от линии железной дороги получил название Алексеевский, по имени наследника престола цесаревича Алексея Николаевича Романова. Это название поселок носил до 1936 года, когда он был назван Кагановичским в честь Лазаря Моисеевича Кагановича, наркома путей сообщения. Впоследствии, в 1957 году, после развенчания культа личности Сталина и отстранения Кагановича от власти, посёлок получил новое название — Ишимский, и позже вошёл в черту города Ишим.

15 апреля 1918 года через станцию Ишим в сторону Омска проследовал, остановившись на дозаправку, поезд с членами семьи Романовых – Николаем Александровичем, его супругой Александрой Федоровной и их дочерью Марией Николаевной. Остальные члены семьи остались в Тобольске ввиду болезни сына – Алексея Николаевича. Узников сопровождал комиссар Яковлев. Поезд остановился на станции Любинская. Омский Совет дальнейшее движение на восток запретил, и поезд проехал в обратном направлении – к Екатеринбургу, вновь остановившись на станции Ишим 22 апреля.

В конце июля – начале августа 1919 года на станцию Ишим прибыл обычный с виду товарный вагон, в котором перевозился необычный груз – гробы с останками восьми «алапаевских мучеников» - убитых в ночь с 17 на 18 июля 1918 года членов императорской фамилии: великого князя Сергея Михайловича и его управляющего Федора Михайловича Ремеза, князей Иоанна, Константина и Игоря Константиновичей, князя Владимира Павловича Палея, а также сестры царицы Александры Федоровны – великой княгини Елизаветы Федоровны, настоятельницы основанной ею в Москве Марфо-Мариинской обители и сопровождавшей ее инокини Варвары (Варвара Алексеевна Яковлева), которые впоследствии были прославлены в лике святых. Частицы их мощей находятся в ишимском Богоявленском соборе.

В Ишиме главнокомандующий Восточным фронтом генерал М.К. Дитерикс выдал сопровождающему игумену Свято – Алексеевского скита Белогорского монастыря Серафиму (Кузнецову) «открытый лист» на дальнейшее следование на восток.

В июле 2018 года к 100-летию со дня гибели царской семьи была открыта выставка в Ишиме. На баннере расположены исторические фотографии с открытия станции Ишим, вид Алексеевского поселка, фотографии царской семьи.