Станция Могойтуй основанав 1907 году на строящейся Маньчжурской железнодорожной ветке Транссиба-КВЖД. При станции возник поселок. Могойтуй еще называют «железнодорожными воротами» Агинского округа. По-бурятски «Могой» - змея, отсюда «Могойто»- это местность, известная наличием змей. Среди первых поселенцев была семья пензенского рабочего Петра Усачева.

По переписи 1910 года на станции проживало всего 119 человек. Постепенно жители с близ лежащих сел, деревень, населенных пунктов начали переезжать в Могойтуй ближе к железной дороге. В 1926 году открылась начальная школа, в 1938 году открылся акушерский пункт. В 1937 году построена нефтебаза. В декабре 1942 года в связи с образованием Могойтуйского района Могойтуй стал райцентром.

Основное развитие населенного пункта началось после Великой Отечественной войны. В 1946- 1947 годах построили 30 объектов в райцентре, из них 16 жилых домов и 14 зданий для общественного пользования. Райцентр за все эти годы обзавелся всем необходимым: зданиями для всех учреждений района, больницей, клубом, типографией для районной газеты, школой и электростанцией, построенной при содействии депутата Верховного Совета СССР маршала Р.Я. Малиновского, промкомбинатом, райтопом, железнодорожной веткой к пункту «Заготзерно». Начали строительство двухэтажного Дома Советов.

Решением исполкома Читинского областного Совета депутатов трудящихся от 1 декабря 1966 года село Могойтуй было отнесено к категории рабочего поселка с сохранением прежнего названия.

В начале 1980-х годов построены жилые двухэтажные дома (по 16 квартир), стоящих и сейчас в двух районах поселка. До 90-х годов XX века в поселке работали такие предприятия, как Сельхозхимия, Птицефабрика, РСУ, Могойтуйская ПМК, Читаводмелиорация, Могойтуйская межрайбаза. В 1996 году была открыта школа № 2. В 2007 году поселок отметил свое столетие. В том же году открыты школа № 3 и детский сад в микрорайоне «Северный».

В настоящее время Могойтуй – поселок городского типа с населением около 11 тысяч жителей, второй по численности населённый пункт Агинского Бурятского округа.

Расписание поездов по станции Могойтуй Расписание, Подробнее о поселке Могойтуй здесь поселок Могойтуй