Современное село Белозерское началось со слободы Белозерской которая была построена на левом берегу реки Тобол в 1665 году. Основатель — Стенка (Степан) Федоров сын Нестеров, родившийся в Чубаровской слободе. Жили здесь беломестные казаки и оброчные крестьяне. Была мутовчатая мельница на ручье, принадлежащая Луке Федоровичу Нестерову, он же имел кузницу. Остальные жители занимались хлебопашеством, ловили рыбу в оз. Ачикуль и в истоке из Белого озера, по имени которого названа слобода.

В 1749 году Белозерская слобода Ялуторовского дистрикта насчитывала 23 двора в которых крестьян, мужчин в возрасте от 18 до 50 лет — 83 человека, у них огнестрельного оружия было 3 винтовки (у Павла Шорина, у Ульяна Шмакова и у Ярасима Шихалева). К слободе были приписаны 18 деревень, в которых насчитывалось 398 дворов. Так как слобода была пограничной, то жители (756 мужчин в возрасте от 18 до 50 лет в самой слободе и деревнях) были вооружены винтовками (74 шт.), турками (8 шт.), фузеями (2 шт.), гладями (9 шт.) для защиты от набегов кочевников. Кроме того, в самой слободе «городового строения: город лежачий, кремль срубленный в углы, одна башня проезжая, одни проезжие ворота, надолбы, рогатки и ров».

Вокруг слободы постепенно возникали деревни. Слобода стала центром Белозерской волости Курганского уезда. В 1710 году в слободе было 28 дворов. Кроме хлебопашества и скотоводства жители волости занимались гончарным производством, в основном это жители деревни Масляной. Зарабатывают жители волости и тем, что по найму купцов или других хозяев на все лето отправляются в степь для перегона баранов или рогатого скота. Некоторые занимались провозом по тракту людей.

Первая церковь во имя святого преподобного Алексия, человека Божия была построена в слободе в 1698 году, в 1708 году появился самостоятельный Белозерский приход. К 1755 году построена вторая церковь вместо первой, тоже деревянная, со вторым приходом святой мученицы Параскевы.

В 1784 году приняли решение о строительстве каменной церкви с мерою в длину и ширину 8 аршин, внутри высота 11 аршин. Строили храм долго. В 1805 году тщанием прихожан и при пособии благотворителей в слободе Белозерской построена каменная церковь во имя святого преподобного Алексия, человека Божия. К холодному Алексеевскому приделу примыкал теплый придел во имя Святой Мученицы Параскевы.

В конце февраля 1774 года, во время Крестьянской войны под предводительством Емельяна Пугачева, жители слободы поддержали восставших. В марте 1774 года правительственные войска во главе с майором Георгием Эртманом заняли Белозерскую слободу.

В 1909 году в слободе была Министерская 2-классная школа, библиотека-читальня, больница, кожевенный завод М.О. Менщикова, проводился еженедельно торжок, два раза в году – ярмарка.

В годы гражданской войны Белозерское стало ареной ожесточенных боев между отрядами Красной армии и колчаковскими частями. В память об этих событиях в селе установлен обелиск.

В 1919 году образован Белозерский сельсовет. После упразднения волостей Постановлением ВЦИК от 3 ноября и 12 ноября 1923 года село стало центром Белозерского района.

В 1936 году был закрыт Белозерский храм. В 1940-е годы в здании церкви разместили банк и сберкассу, затем — краеведческий музей. Здание сохранилось до уровня первого этажа.

С 1 февраля 1963 года район упразднен, Белозерский сельсовет отнесен к Каргапольскому сельскому району, а с 3 марта 1964 года — к Кетовскому сельскому району. Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 12 января 1965 года снова образован Белозерский район.

В годы Советской власти жители села работали в совхозе «Тобол».

В Белозерской слободе родился выдающийся ученый и общественный деятель Александр Васильевич Адрианов (1854—1920). Село Белозерское родина Героя Советского Союза Мойзых Е.А., полных кавалеров ордена Славы Соловьева В.З., Бессонова М.С.

В настоящее время в сельское поселение Белозерский сельсовет входят с. Белозерское, д. Доможирово, д. Корюкино, д. Куликово. Население 5172 чел. (2012), 5089 чел. (2013), 4971 чел. (2014).