Под таким загадочным именем эта речка в Тюмени известна с XVII века, так она именуется на чертеже С.У. Ремезова. Современные филологи не могут объяснить происхождение названия, возможно, оно неузнаваемо искажено или происходит от очень древних языков.

В далекие времена Бабарынка начиналась на склоне водораздела Туры и Пышмы возле современного поселка Рощино (Учхоза). В XX веке на Бабарынке построили много больших и малых плотин и создали несколько прудов. Самые крупные - в бывшем пансионате имени Оловянникова, озеро Цимлянское и Бабарынский мельничный пруд. Все они непроточные, и только весной, когда в Бабарынку устремляются талые воды с окрестных полей, пруды переполняются, но вода в них не освежается, а вдобавок портится коммунальными стоками аэропорта, учхоза, студгородка. На всем протяжении река Бабарынка испытывает крайне неблагоприятные воздействия от всех предприятий, расположенных на ее берегах, и к Туре приходит сильно загрязненной. Летом мелководные пруды прогреваются, и вода в них «цветет» от развития сине- зеленых водорослей, мерзко воняет.

В XIX веке Бабарынка была чистой речкой, настолько чистой, что архимандрит Тюменского мужского монастыря отец Владимир разводил в ней раков. В 1844 году он привез их 3000 из реки Исети и выпустил в Бабарынку. Наводнение 1845 года смыло рачье поселение. Отец Владимир, видимо, был большой любитель раков и в 1846 г. повторил их пересадку в Бабарынку, но предварительно навозил в русло реки крупных камней, чтобы раки могли сделать себе под ними укрытия.

Раководство на Бабарынке наладилось, в 1876 г. Тюмень посетили немецкие ученые – биологи О. Финш и А. Брем. Они отметили в своих путевых заметках, что «в первый раз видели в Сибири в Тюмени речных раков. Они были привезены из Туры, где их разводят искусственно…» .Теперь на Бабарынке вода малопригодна для жизни, хотя неприхотливых карасиков рыбаки ухитряются ловить в Цимлянском пруду.

Самый старый пруд на Бабарынке устроен купцами Колокольниковыми в своей заимке около 1890-1895 гг.; мельничный пруд построен в 1905 -1907 гг. для нужд спиртового завода и мельницы товарищества «Н. Тартаковский и К»; Цимлянский пруд создан в начале 50-х гг. XX века для поливки посадок плодопитомника, устроенного в те годы на берегах Бабарынки.