Деревня Малышкина Ишимского уезда Тобольской губернии упоминается в Переписной книге тобольского дворянина Алексея Струнина за 1710 г. Малышенская волость в «Ревизских сказках» упоминается уже в 1795 году. Она объединяла 17 селений, где проживало 1232 крестьянина. К 1850 году в Малышенской волости насчитывалось уже три с половиной тысячи крестьян.

В селе находились волостное правление, резиденция медицинского фельдшера, две торговых лавки, земская станция, маслодельный завод, хлебозапасный магазин, водяная и три ветряных мельницы. Проводились Стретенский (2 февраля) и Троицкий торжки, в которых принимали участие до 200 человек. Торговали сельскохозяйственными продуктами и изделиями кустарного крестьянского производства.

В 1742 г. в селе Малышенском была церковь во имя святителя Николая Чудотворца. Эта церковь и построенные на ее месте в 1759 и 1762 гг. другие - сгорели, так как были деревянными.

Очередная деревянная Сретенская церковь была построена и освящена 21 мая 1777 г. В 1839 г. построена новая деревянная церковь, которая простояла до 1916 года. В этот год, в связи со строительством нового храма в селе Малышенском, епархиальное начальство разрешило населению деревни Шулындиной Малышенского прихода приобрести за 3000 рублей эту церковь.

В 1888 г. открыта церковно-приходская школа. В ней занимались 13 мальчиков и 3 девочки. Много лет в школе преподавала учительница Катаева Александра Серапионовна. Также в селе была школа Министерства народного просвещения (с 1878 г.), где одним из преподаваемых предметов был Закон Божий.

К строительству каменного храма приступили в 1911 г. rаменная Сретенская церковь была построена в 1916 г.: величественное здание из красного кирпича 36 метров в длину и 16,8 метров в ширину. Церковь, гордость прихожан, являлась духовно-просветительским центром и главным украшением села.

В декабре 1919 года создан Волостной Совет. Председателями избирались: Киргинцев, Черепанов Николай Иванович, Баженов Степан Васильевич, Робканов Павел Филиппович, Баженов Георгий М., Долин Евдоким Трофимович, Смирнова Надежда Яковлевна, Поликарпов Степан Иванович, Швецов Александр Андреевич, Тихомиров Александр Егорович, Алеева Маргарита Павловна. Много лет работали секретарями исполкома сельсовета Удилова Анна Афанасьевна и Ермолаева Надежда Григорьевна.

В августе 1982 года председателем исполкома стала Алеева Маргарита Павловна. Советы работали в тесном контакте с партийными органами и совхозами. Все, что касается работы с населением, решалось через партком, через Валерия Ивановича Варганова. Хозяйственные дела решала с директором совхоза Сергеем Федоровичем Лукьяненко.

Помощь нужна была при ремонте клубов, медпунктов и школ, при проведении праздников. Одним из важных направлений работы Совета Алеева считала благоустройство, поддержание порядка на деревенских улицах.

Среди тех, кто активно помогал ей во всех делах, были шофер Дмитрий Пожидаев, тракторист Василий Филипов, доярка Татьяна Полежаева.

В 1996 г. главой администрации избран Кляпышев Анатолий Александрович. Тогда же специалистом администрации назначена Мальгавко Людмила Петровна.

В центре села похоронены солдаты Ишимского полка, отдавшие свои жизни за освобождение Малышенки от колчаковцев.

Колчаковское командование строило большие планы относительно укрепленного рубежа на реке Елец. Вдоль восточного берега были вырыты окопы с пулеметными ячейками, сооружены блиндажи. По западному берегу шли лесные завалы, опутанные колючей проволокой, по дорогам расставлены «ежи». Но и эти преграды не смогли сдержать натиска Красной Армии. Три раза Малышенка переходила из рук в руки, пока белогвардейцы окончательно не были отброшены к Усть-Ламенке.

В братской могиле покоится и прах инструктора ревкома И.М. Ерахова, убитого в 1921 году повстанцами. Одна из улиц названа в честь погибшего коммуниста-земляка Кармацкого.

В июле 1936 года районные власти отказались регистрировать на должность настоятеля Сретенского храма протоиерея И. Овчинникова. Председатель местного Совета запретил священникам проводить службы. 11 мая 1937 г. вышло постановление Голышмановского райисполкома о закрытии Сретенской церкви и передаче ее под клуб. 10 марта 1938 г. был расстрелян священник этого храма Федор Свинцов.

Когда построили клуб, то церковь стали использовали как склад, сушили пшеницу и картофель.

В 1938 году Ишимский трест «Маслопром» выполнил на 124 % план выработки масла. Сверх плана сдано свыше 8 тыс. ц. Лучшими заводами по выполнению плана стал среди других и Малышенский Голышмановского района (директор товарищ Лапенюк). За молоко, сданное в госзакупе, колхозы, находящиеся в районе Ишимского треста, в 1938 г. приобрели 150 грузовых автомашин.

Памяти земляков, погибших на полях сражений в годы Великой Отечественной войны посвящен памятник, установленных у Дома культуры.

В 1958 году начала работать машинно-тракторная мастерская, оборудование которой действует до сих пор. Для строительства части цехов использовался кирпич разрушенной в это время местной церкви.

В 1960-е годы начальником Малышенского отделения связи работала Екатерина Ефимовна Киргинцева. За четкое обслуживание клиентов она пользовалась заслуженным авторитетом. На 1964 год в отделении подписано 789 газет и 328 журналов.

Хмелевский-Малышенский совхозы за время своего существования несколько раз меняли свои границы. В разное время ими руководили С.М. Никулин, А.И. Жданович, С.Ф. Лукьяненко, В.С. Каркодинова, В.Н. Попов. 

Особое время развития хозяйства пришлось на 1970 г., когда под руководством директора совхоза М.И. Кузнецова собралась группа активных специалистов - Е.И. Волкова, В.Т. Третьякова, Ю.А. Катозова, В.А. Защеринской, Е.П. Жижина, а также управляющих А.Ф. Черепанова, М.Ф. Демидова и других - именно в эти годы развиваются все отрасли производства, строятся хозяйственные объекты, Дом культуры на триста мест. Силами рабочих совхоза возвели трехэтажную школу, построили 70 квартир для рабочих. Хозяйство стало рентабельным.

Четыре молочные фермы располагались в Малышенке, Михайловке, Мокрушино и Русаково, где содержали 1300 голов крупного рогатого скота. В совхозе занимались также разведением свиней. Действовал в селе маслозавод, одно из старейших предприятий. Производили здесь масло, мороженое, сушили творог для производства казеина.

Многие труженики малышенской земли отмечены государственными наградами:
Орден Трудового Красного Знамени - Абакумова Галина Кузьмовна, Черепанов Александр Федорович, Малышкин Тимофей Андреевич, Самойлова Таисья Петровна.
Орден «Знак Почета» - Вяжевич Лидия Ульяновна, Киргинцева Екатерина Ефимовна, Кузнецов Виталий Григорьевич, Морозова Амалия Яковлевна, Усольцев Иван Михайлович, Шипилова Лидия Семеновна, Третьяков Валерий Тимофеевич.
Орден Трудовой Славы - Русанова Мария Андреевна. Чернов Геннадий Владимирович удостоен звания заслуженный агроном России. 38 человек занесены в Книгу Почета совхоза «Малышенский».

В Малышенском совхозе работала главным агрономом Луиза Быкова, родная сестра знаменитого и всеми любимого актера Леонида Быкова, знакомого по фильмам «В бой идут одни старики», «Аты-баты – шли солдаты».

В наше время на Малышенской территории работает одно сельхозпредприятие – самое крупное в городском округе. Это структурное подразделение Боровской птицефабрики многопрофильное: специализируется на растениеводстве и молочном животноводстве. На фермах агропредприятия содержат более 1400 голов крупного рогатого скота, из них около пятисот – коров. Полеводы обрабатывают свыше двенадцати тысяч гектаров земли на территории Аромашевского и Голышмановского районов.

В жизни населения поселений Малышенского сельского Совета особое, очень важное место занимает средняя школа и ее коллектив. Директорами школы были ответственные и добросовестные педагоги. Школа богата своими выпускниками и хорошими делами в учебных, воспитательных, производственных делах.

Первичная ветеранская организация была создана в 1987 г. в составе 208 пенсионеров, в т.ч. 62 участников Великой Отечественной войны. Председатель Совета была избрана Зашеринская В.А., затем избрали Кнакнину Л.А., ее сменила Полежаева Т.В.

Село находится в южной части Тюменской области, в лесостепной зоне, в пределах Ишимской равнины, на левом берегу реки Вагай, на расстоянии 25 километров от Голышманово. В 2010 году население составляло 858 жителей. До сентября 2018 года Малышенка была административным центром Малышенского сельского поселения, затем вошла в состав Голышмановского городского округа.

1 октября 2021 года в селе открылся парк Здоровья. Он интересен тем, что создали его на месте заброшенного пришкольного участка местные инициативные пенсионеры. Обустроена часть участка, где располагается сосновая аллея, теперь есть возможность заниматься там скандинавской ходьбой и дышать свежим воздухом, установлены несколько скамеек, посажены сосны и ели, планируют выращивать и дубы. В центральной части парка разбита аллея Дружбы. Сюда приходит молодежь и дети.

С Голышманово до Малышенки можно доехать на автобусах № 830 (Голышманово-Комсомольский), № 831 (Голышманово - Никольск), № 118 (Голышманово-Малышенка).

Адрес: село Малышенка, Голышмановский городской округ, Тюменская область. Координаты: 56.615377, 68.585932