Свою историю церковь Спаса Нерукотворного ведет от 1587 года, когда на месте современного храма была заложена деревянная Спасская церковь. В этот храм в 1593 году был прислан из Углича тот самый колокол, в который били в набат по случаю убийства царевича Димитрия.

Храм этот 1 июня 1701 года сгорел, а в 1702 году был заложен и в том же году построен и освящен новый деревянный. Но он не долго существовал, нашелся благочестивый и усердный жертвователь, местный купец Стефан Третьяков, и «в 1706 году на горе была заложена церковь каменная Всемилостивого Спаса, подле деревянной».

В 1706 году основание этого храма освятил святитель Филофей, а освящение уже выстроенной церкви совершил святитель Иоанн в 1713 году. Во второй половине XVIII века к западному фасаду храма была пристроена колокольня. В 1772 и 1791 годах сооружены два придела.

В законченном виде храм имел четыре престола: во Имя Святой и Живоначальной Троицы, в честь Нерукотворенного Образа Спасителя и во имя Предтечи Господня Иоанна – в летнем храме, а в зимнем, теплом, – во имя Иоанна Милостивого, Патриарха Иерусалимского.

Небольшой объем этого храма состоит из трех частей: церкви, трапезной и колокольни. Пластика внешних стен удивляет своей живописностью. В ней воплотилось сочетание древнерусского архитектурного стиля XVII в., архитектуры петровского времени и азиатских художественных вкусов. В декоре этой церкви отразился самобытный стиль – сибирское барокко, которое в дальнейшем получит развитие в архитектуре Сибири.

Особенный декор храма, смешение древнерусского стиля с барочными украшениями позволяет назвать и зодчего этой церкви, здесь виден особый почерк, мало где повторяющийся. Точно такой же стиль был применен в строительстве Тюменского Троицкого собора, который возводился одновременно со Спасской церковью каменщиками тобольского мастера Матвея Максимова. Отсюда вытекает вполне разумное и вероятное предположение, что зодчим Спасского храма также является этот известный тобольский храмостроитель.

О внутреннем убранстве Спасского храма ныне можно только строить догадки, почти никаких визуальных данных не сохранилось, осталось только пустое помещение с подпорченной штукатуркой. Но то, что осталось, производит определенное впечатление, как замечает выдающийся сибирский искусствовед С.П. Заварихин: «Внутреннее пространство церкви оставляет впечатление простора и внушительности. Из тесного и низкого притвора попадаешь в квадратную, перекрытую цилиндрическим сводом трапезную, а из нее – в пространство собственно храма, вытянутое поперек главной оси церкви. Три глубоких предалтарных отсека обогащают его пространство. Лишившиеся штукатурки стены демонстрируют кирпичную кладку, и это усиливает суровость интерьеров».

В церкви находился образ «Спаса Нерукотворного». Первоначально икона находилась в Троицкой церкви. Но в 1791 году после того, как церковь была из-за ветхости разобрана, икона была перенесена в Спасскую церковь. Икона имела длину 1 аршин и ширину ? аршина. Сверху была покрыта позолоченной ризой с венцом из чистого золота.

В 1844 году в церкви отпевали декабриста Александра Петровича Барятинского, отбывавшего ссылку в Тобольске с 1839 года.

В 1922 году по всему Тобольску произошло изъятие из церквей драгоценных металлов. В Спасском храме было изъято серебро. В конце 1920-х сняты колокола, причем, как известно, пожилые женщины, «бабушки»-прихожанки этой церкви дали настоящий бой властям, протестуя против снятия колоколов.

В 1940 году храм был передан под гараж школы комбайнеров. Тогда же храм лишился своих главных украшений – купола и колокольни, позднее появилась шиферная крыша, которая придала древнейшему приходскому храму Тобольска вид богатыря без головы.

После Великой Отечественной войны Спасский храм постепенно разрушался, здание приходило в негодность и долгое время пустовало. В конце 1970-х годов власти решили отремонтировать здание храма для использования в мирских целях.

7 октября 1975 года в кладке стены Спасской церкви был найден клад бумажных денежных знаков 1898—1921 годов.

По состоянию на 1 августа 1980 года храм хотя и находился в разрушенном состоянии, но ремонтировался. Тобольский исполком намеревался использовать бывшее здание Спасской церкви под художественные мастерские.

В 1990-х годах начались переговоры о передаче здания Спасской церкви в пользование местной церковной организации. В марте 1996 года создан был православный приход Спасского храма, костяк прихода составляли тобольские казаки, в храме планировалось создать духовный центр Сибирского казачества. В июне 1996 года приходская организация, по благословению Епископа Тобольского и Тюменского Димитрия, подала два «Обращения» в Государственный комитет Российской Федерации по Управлению Государственным имуществом и в Министерство Культуры РФ с просьбой передать храм в пользование верующих. Через некоторое время храм был передан Тобольско-Тюменской епархии. Но казацкий приход к тому времени уже развалился, и здание с 1999 года после продолжительного внутреннего ремонта стали использовать под учебные классы иконописной школы. Богослужения в храме, пока еще не обновленном, совершаются нерегулярно.

Адрес: Революционная улица, 8, Тобольск, Тюменская область, 626152. Координаты: 58.203343, 68.253656