Минигали Мингазович Шаймуратов родился 15 августа 1899 года в деревне Биштяки Уфимского уезда Уфимской губернии (ныне — д. Шаймуратово Кармаскалинского района Башкортостана).

После смерти матери, в 14 лет, ушел в город, работал матросом парохода «Урал» в Уфимском пароходстве.

Весной 1919 года он лишился работы и вернулся в родную деревню. В марте 1919 года в Биштяки пришли колчаковцы и призвали в Белую гвардию всех юношей, способных носить оружие. Прослужив месяц в рядах белогвардейцев, он сбежал вместе с сослуживцем и скрывался в лесах. Летом того же года он поступает на службу в 270-й Белорецкий стрелковый полк Красной Армии.

Участвовал в гражданской войне: служил в 270-м Белорецком стрелковом полку 30-й стрелковой дивизии 5-й армии Восточного фронта, в котором воевал против войск адмирала А.В. Колчака; участвовал в Пермской, Петропавловской и Омской наступательных операциях. В апреле 1920 года направлен на учебу в 9-е Казанские кавалерийские курсы.

В январе 1921 года после окончания курсов направлен командиром взвода в 2-й кавалерийский полк Отдельной Приволжской кавалерийской бригады. Участвовал в подавлении Тамбовского восстания. С октября 1921 года — командир взвода и эскадрона на 6-х Кирсановских кавалерийских курсах, с июня 1922 года — командир взвода на 7-х Старожиловских кавалерийских курсах. С ноября 1922 года служил в 79-м кавалерийском полку 14-й кавалерийской дивизии Первой Конной армии С. М. Буденного в Северо - Кавказском военном округе. В 1924 году окончил окружные курсы среднего комсостава этого округа. С марта 1925 года служил командиром взвода и курсовым командиром в Объединенной военной школе имени ВЦИК в Москве.

С августа 1930 годах был слушателем Военной академии РККА имени М.В. Фрунзе: окончил 1-й курс основного факультета (1931—1932) и восточный факультет (1932—1934). С 1934 года проходил службу в 4-м (с 1934 — Разведывательном) управлении Генерального штаба Красной Армии: помощник начальника отделения, в 1934—1935 годах — военный атташе в Турции, в 1936—1937 годах — советник военного комитета при правительстве Гоминьдана в Китае, с 1938 года по декабрь 1940 года — военный атташе в Китае.

Шаймуратов хорошо владел английским, китайским, татарским, уйгурским и казахским языками.

После начала Великой Отечественной войны в 1941 году полковник М.М. Шаймуратов был переведен в Инспекцию кавалерии РККА и назначен командиром части по охране Кремля — 1-й Особый кавалерийский полк, который вскоре был направлен на фронт в состав корпуса генерала Л.М. Доватора. За бои под Волоколамском, на подступах к Москве, М.М. Шаймуратов был награжден вторым орденом Красного Знамени.

25 декабря 1941 года прибыл в Уфу и вступил в должность командира 112-й Башкирской кавалерийской дивизии. С 2 июля 1942 года дивизия в составе 8-го кавалерийского корпуса воевала в составе Брянского фронта, участвуя в Воронежско-Ворошиловградской оборонительной операции. В ноябре ее передали в 5-ю танковую армию Юго-Западного фронта. Там она участвовала в Сталинградской битве. Вовремя Среднедонской наступательной операции в декабре 1942 года дивизия отличилась при освобождении Тацинской и Морозовска.

10 ноября 1942 года полковнику М.М. Шаймуратову присвоено воинское звание генерал-майора.

В Ворошиловградской наступательной операции в феврале 1942 года дивизия и корпус в составе 3-й гвардейской армии успешно действовали в глубине немецкой обороне, совершив дальний рейд к Миллерово и Макеевке.

За мужество и героизм в боях, за успешное выполнение важных оперативных задач 112-я Башкирская кавалерийская дивизия была удостоена приказом наркома обороны СССР от 14 февраля 1943 года гвардейского звания и переименована в 16-ю гвардейскую.

В ходе Харьковской оборонительной операции при начале немецкого контрнаступления дивизия оказалась далеко в немецком тылу и была вынуждена с большими потерями прорываться к своим. Комдив погиб 23 февраля 1943 года между поселками Штеровского динамитного завода имени Г.И. Петровского (Петровское) и Юлино (Штеровка) Ворошиловградской области. Во время войны считался пропавшим без вести, только в 1946 году был установлен факт гибели генерала Шаймуратова.

По версии историка А.А. Маслова, основанной на материалах архива Министерства обороны России, генерал Шаймуратов в ходе рукопашного боя был тяжело ранен и захвачен фашистами и тотчас же в течение боя варварски замучен до смерти донскими казаками, находящимися на службе гитлеровцев. Похоронен в братской могиле в поселке Петровское Краснолугского района Луганской области.

16-я гвардейская дивизия за годы Великой Отечественной войны прошла от Дона до Эльбы свыше 4000 км. 15 раз отмечена в приказах Верховного Главнокомандующего, как отличившаяся в боях. 3860 воинов дивизии награждены орденами и медалями, 78 из них стали Героями Советского Союза и пятеро полными кавалерами ордена Славы.

Звание Героя Российской Федерации присвоено 30 марта 2020 года, посмертно — за мужество и героизм, проявленные в борьбе с немецко-фашистскими захватчиками в период Великой Отечественной войны 1941—1945 годов.

Родная деревня названа именем генерала. После Великой Отечественной войны один из пароходов Бельского речного пароходства (пароход «ОСТ» постройки 1900 г.) получил имя «Генерал Шаймуратов» (находился в эксплуатации до 1962 г.).

Именем Шаймуратова в Башкортостане названы улицы в городах Уфа, Стерлитамак, Салават, Ишимбай и Октябрьский. На Донбассе его имя носят площадь (место захоронения) и улицы в городе Петровское, а также в пгт Чернухино (Луганская область). В 1964 село Биштяки Кармаскалинского района Башкортостана переименовано в село Шаймуратово.

Памятники Шаймуратову установлены в г. Уфа (2 памятника), г. Петровское (памятный знак на могиле и в сквере башкирских конников) и пгт Чернухино (памятник башкирским конникам), с. Шаймуратово.

В с. Шаймуратово с 1972 при школе работает музей Боевой славы, носящий его имя. В 1999 году средней школе присвоено имя М.М. Шаймуратова. Школа № 22 в г. Петровское носит имя Шаймуратова. В 2005 в г. Уфе открылся музей 112-й (16-й гвардейской) Башкавдивизии, которой он командовал.

Имя легендарного генерала носят многие сельскохозяйственные объединения в различных районах Республики Башкортостан. 31 мая 1964 года в селе Шаймуратово установлен бюст генерал-майора. Скульптор Б. Д. Фузеев
8 мая 2010 года в Парке Победы Уфы на Аллее славы был установлен бюст. Скульптор В. А. Дворник.

21 ноября 2012 года Указом Президента РФ № 1561-УП от 21.11.2012 г. 29-му Отряду Специального назначения Внутренних войск МВД РФ присвоено почетное наименование «имени генерал-майора М.М. Шаймуратова». 19 ноября 2013 года бюст Шаймуратова установлен на территории 29-го отряда специального назначения Внутренних войск МВД России (г. Уфа, мкр. Затон). Скульптор В. А. Дворник.

11 сентября 2015 года в родном селе генерала Шаймуратова состоялось открытие мемориала Воинской Славы, посвященного 112-й Башкирской кавалерийской дивизии и ее командиру. На этом мероприятии был открыт первый конный памятник генерал-майору М.М. Шаймуратову. Памятник выполнен из бронзы в полный рост. Скульптор Д. А. Стритович.

В сентябре 2018 года почта Луганской Народной Республики выпустила почтовую марку, посвященную М. Шаймуратову. Марка входит в блок марок «75-лет освобождению Луганской области от немецко-фашистских захватчиков».

В 2020 году в Башкортостане учрежден Орден генерала Шаймуратова, который вручается «за самоотверженность и мужество, проявленные при исполнении воинского, гражданского или служебного долга в условиях, сопряженных с риском для жизни, при спасении людей во время чрезвычайных ситуаций, при охране общественного порядка».

В Республике Башкортостан Шаймуратов считается народным героем. Есть в башкирской народной песне «Шаймуратов-генерал», записанной в далеком 1947 году такой куплет: «Победителей по праву встретил с гордостью Урал. Заслужил навеки славу Шаймуратов-генерал».