Территория будущей Пушкинской набережной издавна использовалась для транспортировки и складирования товаров. После обмеления старой Петровской гавани сюда переместился таганрогский рейд и велись погрузочно-разгрузочные работы.

Впервые благоустройство территории было проведено в 1827 году, затем продолжилось в 1835 году и велось с перерывами до конца 1840-х годов. В это время уже велось строительство настоящей набережной длиной около 1500 метров. Она была устроена несколькими метрами выше уровня моря, построенные каменные откосы даже при сильных ветрах препятствовали ее подтоплению.

27 апреля 1849 года состоялись торжества по случаю завершения работ. Вскоре набережную назвали Воронцовской, в честь генерал-губернатора юга России графа М.С. Воронцова. Набережная была связана с городом тремя спусками: Градоначальническим, Биржевым и Воронцовским (теперь Комсомольский), а также Депальдовской лестницей. Для транспортировки грузов вдоль набережной шла конная дорога, а с 1873 года - железнодорожная ветка от вокзала до порта.

В конце 1890-х годов несколько снизился объем коммерческих операций через торговый порт, и набережная стала все более превращаться в место отдыха для жителей Таганрога. Тогда была отремонтирована вся надводная часть сооружений, замощены твердым камнем конная дорога и часть спусков, укреплены откосы обрывов. Вдоль набережной был устроен бульвар. В начале XX века появились частные купальни, открылся яхт-клуб.

В 1924 году имя графа Воронцова исчезло из названия набережной, она стала безымянной. Только в 1952 году ей было присвоено имя «Бульвар имени Пушкина», которое не прижилось, укоренилось название «Пушкинская набережная». Капитальное переустройство набережной велось с 1949 года. Был заасфальтирован тротуар, установлены фигурные опоры для фонарей, скамьи для отдыха, разбит заново бульвар. В 1986 году она еще раз была облагорожена, украшена памятником А. С. Пушкину.

Новую жизнь Пушкинская набережная получила к 300-летнему юбилею Таганрога. В 1998 году был проделан огромный объем работ по реконструкции и расширению старой набережной. Проект разрабатывался коллективом творческой мастерской «Архиград» (руководитель С. Рябоштанов). В осуществлении его принимали участие многие строительные и промышленные предприятия Таганрога, а также ростовские строители и монтажники. Первая очередь обновленной Пушкинской набережной была открыта 12 сентября 1998 года, в День города.

Пушкинская набережная сильно пострадала во время урагана, обрушившегося на Таганрог 24 сентября 2014 года. Вдоль литых решеток ограды возникли многочисленные провалы. Появление провалов вдоль литого парапета набережной стало ежегодным явлением, несмотря на ремонтные работы, проводимые каждое лето. В 2016 году было высказано мнение, что избежать размывания основного фундамента набережной можно только путем проведения глобальной реконструкции.