В годы гражданской войны кроме 4-го кадрового полка в Ишиме дислоцировались подразделения 3-го батальона Отряда охраны железных дорог Западно-Сибирского военного округа.

Формирование батальона началось 17 июня 1918 года. Его командиром состоял поручик Михайловский. В задачу батальона входила охрана железнодорожной линии Екатеринбург - Омск от станции Тугулым, через которую проходила граница бывшего Омского военного округа, до станции Куломзино. Первую и вторую роты батальона предполагалось расположить на станции Тюмень, третью и четвертую - на станции Ишим. Штаб батальона планировалось разместить в Тюмени, но так как этот город еще находился в руках большевиков, его местопребыванием временно стал Ишим.

Командир батальона поручик Михайловский имел приказание немедленно, не ожидая никаких особых распоряжений, по мере продвижения частей Степного Сибирского корпуса на запад, занимать железнодорожную линию охраной, выставляя ее прежде всего на мостах и у важнейших сооружений. Однако выполнить в полной мере приказание начальника отряда, имея в своем распоряжении лишь 6 офицеров и 42 солдата, поручик Михайловский не мог. Набор добровольцев в 3-й батальон шел очень медленно, в результате чего начальник отряда подполковник Баллин принял решение усилить его путем выделения команды в 40 человек из состава 2-го батальона, охранявшего участок железной дороги Омск - Татарская - Славгород. Но и этих сил оказалось крайне недостаточно.

В конце июля, когда железнодорожная линия Омск - Екатеринбург была полностью занята войсками Временного Сибирского правительства, генерал Г.А. Вержбицкий вынужден был дополнительно выделить для ее охраны несколько подразделений 2-го Сибирского казачьего полка. Батальон был укомплектован до штата лишь после призыва новобранцев осенью 1918 года.