Средне-Сибирский корпус, ставший одной из ключевых воинских частей Белого движения в Сибири, был образован 12 июня 1918 года. Его создание стало результатом усилий начальника штаба Западно-Сибирской отдельной армии полковника П.П. Белова, который по поручению командующего приказал подполковнику А.Н. Пепеляеву перебазироваться из Томска в Новониколаевск и принять командование над войсками на территории Средней Сибири.

13 июня 1918 года А.Н. Пепеляев официально был назначен командиром Средне-Сибирского корпуса, а уже 14 июня вступил в должность. Он оставался бессменным руководителем корпуса до апреля 1919 года, обеспечивая его боевую эффективность и организационное единство. В первые дни формирования на должность начальника штаба корпуса был назначен капитан А.С. Кононов, сменившийся позже на полковника Б.П. Богословского и подполковника А.А. Сурнина — все они были офицерами Генерального штаба.

На момент своего создания корпус объединял 1-й, 2-й, 3-й и 4-й Томские стрелковые полки, сформированные ранее в ходе антибольшевистского переворота, а также Новониколаевский и Барнаульский Сибирские стрелковые полки, Томский кавалерийский дивизион и ряд добровольческих отрядов, возникших на территории Томской и Алтайской губерний. К началу июля 1918 года большинство мелких отрядов были включены в состав регулярных полков. Например, отряд прапорщика С. Ликаонского влился в 1-й Барнаульский полк, а Кузнецкий Сибирский стрелковый добровольческий полк стал частью 4-го Томского полка.

В июне 1918 года Новониколаевский полк был разделён на две части: 1-й Новониколаевский полк действовал на Алтайском направлении, а 2-й Новониколаевский — на Иркутском. В Красноярске полковник В.П. Гулидов получил задание организовать 1-й Енисейский стрелковый полк и легкую батарею под командой подполковника А.С. Бибикова. Однако вскоре после попытки формирования дивизии её расформировали, переформировав в один полк — 1-й Енисейский Сибирский стрелковой.

После освобождения Иркутска 11 июля 1918 года А.Н. Пепеляев провёл реорганизацию корпуса, сводя полки в две дивизии. 1-я Сибирская стрелковая дивизия объединила 1-й, 2-й, 3-й и 4-й Томские полки, а 2-я Сибирская стрелковая дивизия включала 1-й и 2-й Новониколаевские, 1-й Барнаульский и 1-й Енисейский полки. Командирами дивизий стали полковники Е.К. Вишневский и Б.М. Зиневич соответственно.

Согласно временному штату, утверждённому 20 июля 1918 года, управление дивизии включало начальника дивизии, начальника штаба, старших адъютантов по строевой и хозяйственной частям, инженера, интенданта и врача — всего 25 человек. Полки корпуса первоначально имели четырехротный батальонный состав, но в октябре 1918 года их развернули в двухбатальонные соединения.

26 августа 1918 года генерал А.Н. Гришин-Алмазов провёл унификацию названий и номеров частей Сибирской армии. Так, 1-й Новониколаевский полк сохранил своё название, 2-й Новониколаевский стал 2-м Барабинским, 1-й Барнаульский — 3-м Барнаульским, 1-й Енисейский — 4-м Енисейским. Томские полки получили новые номера: 5-й Томский, 6-й Мариинский, 7-й Кузнецкий и 8-й Бийский Сибирские стрелковые полки.

По приказу А.Н. Пепеляева в августе 1918 года был создан Штурмовой батальон под командованием капитана Е.И. Урбанковского. Он состоял из двух ранее сформированных штурмовых рот, насчитывавших в общей сложности около 250 человек. Батальон принимал участие в подавлении крестьянского восстания в селе Чумай в ноябре 1918 года и затем был направлен на Западный фронт для участия в Пермской наступательной операции.

Кавалерийские силы корпуса включали Томский кавалерийский дивизион под командованием хорунжего А.А. Сотникова, который позже был преобразован в Томский гусарский полк. Также в составе корпуса действовал Енисейский казачий полк, сформированный в результате мобилизации енисейских казаков.

Артиллерийское обеспечение корпуса осуществлялось через Сводный горно-мортирный дивизион, затем переименованный в 1-й Томский Сводный артиллерийский дивизион под командованием штабс-капитана В.И. Ковалевского. По штату каждая артиллерийская батарея насчитывала 197 человек и два орудия. В сентябре 1918 года были сформированы Отдельная легкая Томская батарея и 1-я и 2-я Отдельные гаубичные Томские батареи.

В конце октября 1918 года при дивизионах были сформированы лёгкие и тяжёлые артиллерийские дивизионы. В частности, 1-й Средне-Сибирский лёгкий артиллерийский дивизион (командир — капитан В. Матусевич) состоял из трёх батарей, а 1-й Средне-Сибирский тяжёлый дивизион (командир — полковник А.В. Бахтин) — из двух батарей.

Инженерные части корпуса включали 1-ю и 2-ю инженерные роты, подчинявшиеся корпусному инженеру капитану П.Н. Иванову. Они были переименованы в соответствии с изменением нумерации дивизий и вошли в состав соответствующих соединений. Инженерная рота по штату насчитывала 168 строевых и 55 нестроевых солдат, а также шесть офицеров.

Корпус располагал бронепоездом под командованием поручика А. Туган-Барановского, захваченным у красных в августе 1918 года. На вооружении находились одно трёхдюймовое орудие и восемь пулемётов.

Также в составе корпуса действовал Отряд моторных лодок под командованием штабс-капитана В.М. Головина, отправленный на Восточный фронт в июле 1918 года. После завершения операций в Забайкалье отряд был переброшен на Урал.

Авиационное обеспечение осуществлял 2-й Сибирский авиационный отряд под командованием штабс-капитана П.М. Фаддеева, имевший два самолёта: «Лебедь» и «Сопвич».

Для подготовки пополнения в августе 1918 года была создана Средне-Сибирская запасная (кадровая) бригада под командованием подполковника П.И. Иванова. Она включала восемь стрелковых кадровых полков, две инженерные роты, Томский кадровый эскадрон и унтер-офицерскую школу. Общая численность бригады к 5 сентября 1918 года составляла 29 299 человек.

4 октября 1918 года кадровые бригады были переформированы в кадровые дивизии. Из Средне-Сибирской кадровой бригады были созданы 1-я и 2-я кадровые дивизии. Начальниками дивизий стали подполковники Я.Н. Перчук и П.И. Иванов соответственно.

В октябре 1918 года 1-я и 2-я Сибирские стрелковые дивизии вместе со штабом корпуса были переданы в состав войск Екатеринбургской группы генерал-майора Р. Гайды. На территории Средней Сибири остались только кадровые части, которыми руководил генерал-майор Е.К. Вишневский, а затем полковник П.И. Иванов.

В марте 1919 года произошла окончательная реорганизация: Средне-Сибирский корпус был расформирован, а его части легли в основу новых соединений — 12-й и 13-й Сибирских стрелковых дивизий. Таким образом, закончилась эпоха одного из самых компактных и боеспособных корпусов Белого движения в Сибири.

Средне-Сибирский корпус сыграл важную роль в борьбе против советской власти в Сибири. Под командованием генерала А.Н. Пепеляева он прошёл путь от малочисленного соединения добровольцев до полноценного воинского формирования, способного решать широкие стратегические задачи. Его история является яркой страницей в летописи Белого движения, демонстрирующей высокий уровень организации, самоотверженность солдат и офицеров.